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Plateforme PATHEX: Pathologie expérimentale

Equipe SIRIC
14/01/2019
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La plateforme de pathologie expérimentale PATHEX de l'Institut Curie effectue des analyses tissulaires pour les projets de la recherche fondamentale et translationnelle
Equipe de la plateforme PATHEX (pathologie expérimentale)

La pathologie expérimentale

  • La pathologie est la spécialité médicale consacrée à l'analyse morphologique des lésions cellulaires et tissulaires à visées diagnostique, pronostique, prédictive et théranostique.
     
  • La pathologie expérimentale est le domaine de la pathologie plus particulièrement dédié à l’investigation des mécanismes biologiques et physiques à l’origine des syndromes et maladies.

Une plateforme de pathologie expérimentale intégrée au coeur du Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique (PMDT)

La plateforme PATHEX est intégrée au pôle de médecine diagnostique et théranostique (PMDT) réunissant les départements de pathologie, génétique, immunologie et hémobiologie de l'Ensemble Hospitalier de l'Institut Curie. La force de ce pôle réside d’une part dans la synergie des expertises des différents départements, et d’autre part dans ses liens étroits avec le Centre de Recherche pour chaque spécialité phare de l’hôpital (Sénologie, Ophtalmologie, Pédiatrie, Gynécologie, Sarcomes des tissus mous…).

Intégrée au sein du PMDT et en étroite relation avec les équipes du Centre de Recherche, la plateforme PATHEX assure une veille technologique permanente répondant à la complexité croissante des domaines d’investigation actuels de la recherche en cancérologie (Immuno-oncologie, Epigénétique, Génomique..). La plateforme assure ainsi régulièrement l’implémentation de technologies tissulaires innovantes couplées à des logiciels pourvus d’outils d'Intelligence Artificielle qui réalisent des analyses tissulaires quantitatives et multiparamétriques.

Objectifs

  • Réaliser les analyses histologiques de projets de recherche
  • Proposer des techniques innovantes par une veille technologique (analyses tissulaires quantitatives et multi-paramétriques avec intelligence artificielle)
  • Développer des partenariats avec l'industrie biopharmaceutique pour la validation de biomarqueurs ainsi que de nouveaux vecteurs thérapeutiques (nanobodies, cellules CAR-T)
  • Accompagner des étudiants et des chercheurs de l'Institut Curie, d'autres institutions et des industries biopharmaceutiques pour la réalisation de techniques morphologiques et l'interprétation des résultats sur des tissus animaux (souris transgéniques, xénogreffes, ...) et des échantillons humains (tissus, cultures cellulaires, liquides)

Techniques disponibles

Pathologie expérimentale

  • RNA FISH (RNAscope) et DNA-FISH
  • Immunohistochimie chromogénique multiplexée avec analyse quantitative d’image
  • Immunohistochimie fluorescente multiplexée avec analyse quantitative d’image
  • Réalisation de panels d'anticorps à façon
  • Immunoligation (PLA, proximity ligation assay)
  • "NGS in situ" en partenariat: DSP (technologie Nanostring in situ) et Hypérion (Immunomicroscopie par spectrométrie de masse)
  • Préparation de blocs cellulaires, de blocs multi-tissulaires (TMA), de coupes pour analyses histologique et immunohistochimiques, macrodissection et coupes épaisses, microdissection, immunomarquages sur coupes en paraffine et congelées
  • Analyse et caractérisation de tumeurs humaines, xénogreffes et modèles murins

Techniques de la plateforme PATHEX

Pathologie numérique

  • Numérisation d'échantillons histologiques
  • Analyse d'images normalisées
  • Mise en place d'une banque de lames virtuelles
  • Production d'images haute définition: JPEG, PNG, TIF, BIGTIF, SVS

Equipements de pointe

  • 2 TMA arrayer
  • 2 automates d'immunohistochimie Leica BOND RX
  • 1 plateforme d’imagerie multispectrale quantitative VECTRA PerkinElmer
  • 1 plate-forme d'analyse d'image HALO Indica Labs
  • Scanner Philips UFS
  • Logiciels d'analyse de métadonnées avec Intelligence artificielle (FIJI / ImageJ, Inform / PerkinElmer, Tissue Studio / Definiens).

Equipements de la plateforme PATHEX

Equipement standard:

  • microdissecteur Leica, microscopes optiques, microscope optique multitête cryostat, automate d’imprégnation HistoCore Leica PEARL, microtome, station d'inclusion Valida MEDIT

Sélection de publications

  • PKD1 is a potential biomarker and therapeutic target in triple-negative breast cancer. Spasojevic C, Marangoni E, Vacher S, Assayag F, Meseure D, Château-Joubert S,  Humbert M, Karam M, Ricort JM, Auclair C, Regairaz M, Bièche I. Oncotarget 2018;9:23208-23219.
  • High AHR expression in breast tumors correlates with expression of genes from several signaling pathways namely inflammation and endogenous tryptophan metabolism. Vacher S, Castagnet P, Chemlali W, Lallemand F, Meseure D, Pocard M, Bieche I, Perrot-Applanat M. PLoS One 2018;13:e0190619. doi: 10.1371/journal.pone.0190619.
  • Clinical value of R-spondins in triple-negative and metaplastic breast cancers. Coussy F, Lallemand F, Vacher S, Schnitzler A, Chemlali W, Caly M, Nicolas A, Richon S, Meseure D, El Botty R, De-Plater L, Fuhrmann L, Dubois T, Roman-Roman S, Dangles-Marie V, Marangoni E, Bièche I. Br J Cancer 2017;116:1595-1603.
  • Cytidine Deaminase Deficiency Reveals New Therapeutic Opportunities against Cancer. Mameri H, Bièche I, Meseure D, Marangoni E, Buhagiar-Labarchède G, Nicolas A, Vacher S, Onclercq-Delic R, Rajapakse V, Varma S, Reinhold WC, Pommier Y,Amor-Guéret M. Clin Cancer Res 2017;23:2116-2126.
  • The humanized anti-human AMHRII mAb 3C23K exerts an anti-tumor activity against human ovarian cancer through tumor-associated macrophages. Bougherara H, Némati F, Nicolas A, Massonnet G, Pugnière M, Ngô C, Le Frère-Belda MA, Leary A, Alexandre J, Meseure D, Barret JM, Navarro-Teulon I,Pèlegrin A, Roman-Roman S, Prost JF, Donnadieu E, Decaudin D. Oncotarget 2017;8:99950-99965.
  • The occurrence of intracranial rhabdoid tumours in mice depends on temporal control of Smarcb1 inactivation. Han ZY, Richer W, Fréneaux P, Chauvin C, Lucchesi C, Guillemot D, Grison C, Lequin D, Pierron G, Masliah-Planchon J, Nicolas A, Ranchère-Vince D, Varlet P, Puget S, Janoueix-Lerosey I, Ayrault O, Surdez D, Delattre O, Bourdeaut F. Nat Commun. 2016 Jan 28;7:10421. doi: 10.1038/ncomms10421.
  • Expression of ANRIL - Polycomb Complexes - CDKN2A/B/ARF Genes in Breast Tumors: Identification of a Two-gene (EZH2/CBX7) Signature with Independent Prognostic Value. Meseure D, Vacher S, Drak Alsibai K, Nicolas A, Chemlali W, Caly M, Lidereau R, Pasmant E, Callens C, Bieche I. Mol Cancer Res 2016.
  • TIPIN depletion leads to apoptosis in breast cancer cells. Baldeyron C, Brisson A, Tesson B, Némati F, Koundrioukoff S, Saliba E, De Koning L, Martel E, Ye M, Rigaill G, Meseure D, Nicolas A, Gentien D, Decaudin D, Debatisse M, Depil S, Cruzalegui F, Pierré A, Roman-Roman S, Tucker GC, Dubois T. Mol Oncol 2015;9:1580-98.
  • Impaired PRC2 activity promotes transcriptional instability and favors breast tumorigenesis. Wassef M, Rodilla V, Teissandier A, Zeitouni B, Gruel N, Sadacca B, Irondelle  M, Charruel M, Ducos B, Michaud A, Caron M, Marangoni E, Chavrier P, Le Tourneau C, Kamal M, Pasmant E, Vidaud M, Servant N, Reyal F, Meseure D, Vincent-Salomon A, Fre S, Margueron R. Genes Dev 2015;29:2547-62.
  • The histone chaperone HJURP is a new independent prognostic marker for luminal A breast carcinoma. Montes de Oca R, Gurard-Levin ZA, Berger F, Rehman H, Martel E, Corpet A, de Koning L, Vassias I, Wilson LO, Meseure D, Reyal F, Savignoni A, Asselain B, Sastre-Garau X, Almouzni G. Mol Oncol 2015;9:657-74.
  • Concomitant Notch activation and p53 deletion trigger epithelial-to-mesenchymal transition and metastasis in mouse gut. Chanrion M, Kuperstein I, Barrière C, El Marjou F, Cohen D, Vignjevic D, Stimmer L, Paul-Gilloteaux P, Bièche I, Tavares Sdos R, Boccia GF, Cacheux W, Meseure D, Fre S, Martignetti L, Legoix-Né P, Girard E, Fetler L, Barillot E, Louvard D, Zinovyev A, Robine S. Nat Commun 2014;5:5005. doi: 10.1038/ncomms6005.
  • Tubulin glycylases are required for primary cilia, control of cell proliferation and tumor development in colon. Rocha C, Papon L, Cacheux W, Marques Sousa P, Lascano V, Tort O, Giordano T, Vacher S, Lemmers B, Mariani P, Meseure D, Medema JP, Bièche I, Hahne M, Janke C. EMBO 2014;33:2247-60.

MANAGEMENT

- Anne Vincent-Salomon, responsable du Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique

- Yves Allory, responsable de la Pathologie pour le site de Saint-Cloud

- Didier Meseure, responsable médical de la plateforme PATHEX

- André Nicolas, responsable de la gestion technique et logistique de la plateforme PATHEX 

- Consultant scientifique: Sergio Roman Roman, chef du département de Transfert, et Directeur du SIRIC

ORGANISATION

Le personnel permanent de le la plateforme est composé d'ingénieurs d’étude (Renaud Leclere, Laetitia Lesage, Gabriel Champenois), d'une technicienne (Mallory Brousse) et d'un ingénieur en analyse d'images (Faezeh Moazami).

L'analyse des résultats est effectuée par le pathologiste de la plateforme et par les pathologistes spécialistes d'organes du Service de Pathologie en cas d’ expertise spécifique requise (sénologie, pédiatrie, sarcomes des tissus mous, gynécologie, mélanomes uvéaux, ORL, urologie).